Da Alarmstufe Rot 2 mit dem Alliierten-Ende beginnt, hat die Sowjetunion den letzten Krieg verloren und sinnt unter ihrem neuen Staatschef Premier Romanow auf Rache. Er startet eine Großinvasion auf die USA, während sein Chef-Stratege Yuri die atomare Verteidigung per Gedankenkontrolle untergräbt. Für einen unbekannten neuen General (dem Spieler) und dem zweifelhaften Helden General Wladimir sollte die Zerstörung der Vereinigten Staaten kein Problem darstellen. Nachdem man das Pentagon vernichtet und damit die Militärführung der Amerikaner endgültig zerstört hat, soll man mit Wladimir die amerikanische Flotte außer Gefecht setzen. Durch seine Überheblichkeit scheitert der Einsatz fast und als man ihn zum Erfolg führt, wird Wladimir als Held gefeiert. Yuri sieht das Ganze jedoch etwas anders als Romanow: Er sieht im Spieler denjenigen, der den Feldzug um Erfolg führen wird und gibt ihm um dies zu beweisen einen Auftrag: Die Errichtung eines Psycholeuchtfeuers in New York, um alle Einwohner und dort stationierten Militärs zu kontrollieren. Nachdem Romanow auch dies nicht überzeugt, bekommt man nur dank Wladimirs "Freizeitgestaltung" den Auftrag, erst die angreifenden Koreaner zurückzudrängen und dann den in den Krieg eingestiegenen Europäern in Paris in den Rücken zu fallen. Nachdem Yuri nun das Vertrauen des Spielers gewonnen hat, bringt er Romanow unter seine Kontrolle und wird selbst zum Staatschef der UdSSR. Anschließend degradiert er Wladimir. Nun da der Rest der amerikanischen Flotte bei Pearl Harbor zerstört und der Apocalypse Panzer fertig gestellt wurde, verkündet Yuri eine weitere Botschaft: Romanow ist tot und Wladimir ist der Mörder. Wladimir wird getötet und anschließend übernimmt man mit Yuris Psychokommandos die Kontrolle über den amerikanischen Präsidenten. Damit ist die USA besiegt, der Krieg ist aber noch nicht vorbei. Mit der Wetterkontrollstation wollen die Alliierten wieder die Oberhand gewinnen. Nachdem diese ebenfalls erfolgreich zerstört ist, kommt ans Tageslicht, dass Yuri der wahre Mörder von Romanow ist (oder eher gesagt, der Rest der sowjetischen Führungsriege kommt dem Komplott auf die Schliche; als Spieler wusste man es eigentlich schon vorher). Der Kreml, in dem Yuri sich aufhält, wird nach einem Bürgerkrieg zerstört und dann offenbart sich der letzte Trumpf der Alliierten: Die Chronosphäre in Alaska, mit der sie in Moskau einfallen wollen. Diese wird, wie soll es auch anders sein, zerstört und damit ist der Spieler der Herrscher über die Sowjetunion und damit der ganzen Welt.
Yuris Rache beginnt wieder einmal mit dem Alliierten-Sieg. Doch durch Yuris Verrat (siehe Alliierten-Artikel) werden die Karten neu gemischt. Die Zeitmaschine der Alliierten könnte es ermöglichen, in der Vergangenheit nicht nur Yuri auszuschalten, sondern auch den alliierten Sieg zu verhindern. So reisen die Sowjets nach San Francisco und erobern die Zeitmaschine. Nach einem kleinen Abstecher in die Dinosaurier-Zeit erreichen sie den richtigen Zeitpunkt und zerstören den Psycho-Dominator in San Francisco. Anschließend wird Einstein am Bau der Chronosphäre gehindert und gleichzeitig hält der Spieler sich selbst in der Alliierten-Kampagne in Alarmstufe Rot 2 auf. So gewinnen die Sowjets und können mit Hilfe der verbliebenen Alliierten den Kampf gegen Yuri antreten. Nach der Zerstörung eines Psycho-Dominators in London wird ein Flugzeug mit Romanow an Bord abgeschossen und man muss ihn befreien. Nachdem er gerettet wurde, ordnet er die Zerstörung von Yuris Boomer U-Booten bei einer unbekannten Pazifik-Insel an, da diese eine Bedrohung für Küstenstädte darstellen. Am Ende des Auftrags entpuppt sich ein rätselhaftes Gebäude als Startbasis für Weltraumraketen. Das Ziel der gerade startenden Rakete ist der Mond. Dorthin möchte Yuri sich zurückziehen, wenn er die ganze Erde unter seiner Kontrolle hat. Die Sowjets folgen ihm, bauen sich an der Stelle von Armstrongs USA-Fahne auf (die natürlich zerstört wird) und vernichten Yuris Mondbasis. Danach offenbart sich seine Operationsbasis: Ein Schloss in Transsylvanien. Sein Schloss und der Psycho-Dominator werden zerstört, doch Yuri gibt nicht auf. Er hat die Zeitmaschine gekapert und versucht nun den Spieß umzudrehen und selbst die Vergangenheit zu ändern. Die Sowjets leiten aber zuviel Energie in die Zeitmaschine, wodurch Yuri wie sie selbst in der Dinosaurier-Zeit landet. Er kann dort aber nicht mehr fliehen und wird vermutlich von einem T-Rex gefressen. Die Sowjets beherrschen nun den ganzen Planeten und starten ein groß angelegtes Raumprogramm.
