Die Technologie des Reiches der Aufgehenden Sonne in Alarmstufe Rot 3 ist wohl die modernste und vielseitigste von allen. Die Japaner verfügen über keine Luftwaffe, stattdessen sind fast alle Bodenfahrzeuge in der Lage, sich zu flugfähigen Einheiten zu "transformieren". Diese Vielfältigkeit hat ihren Preis: Die Fahrzeuge der Japaner sind oftmals auch die empfindlichsten und sollten vom Spieler klug eingesetzt werden. Während die Flotte des Reiches sich nur unwesentlich von der der anderen Parteien unterscheidet, ist die Infanterie betont japanisch. In den Reihen finden sich etwa Samurai wieder. Auch das Bausystem ist eher unkonventionell: Im Bauhof werden sogenannte Nanokerne gebaut, die sich an einem Zielort zum Gebäude aufbauen. Die Gebäude sind so zu Beginn extrem anfällig für Angriffe. Die Vorteile liegen aber eindeutig in der enormen Flexibilität, da die Japaner als einzige Partei so auf der ganzen Karte bauen können, und in der Geschwindigkeit, in der mehrere Gebäude gleichzeitig gebaut werden können.
Nicht ahnend, dass es nur als Ergebnis einer Zeitreise in der Form existiert, hält sich das Reich der Aufgehenden Sonne in Alarmstufe Rot 3 für dazu berufen, die Welt unter seiner Herrschaft zu vereinen. Während sich Alliierte und Sowjets gegenseitig bekämpften, haben sie eine geheime Armee aufgebaut, die jetzt auf die Großmächte losgelassen wird. Der völlig überraschende Einfall in die Sowjetunion ist von Erfolg geprägt. Schnell gelingen einige Erfolge in Stalingrad und Odessa, doch verhält sich die sowjetische Bevölkerung nicht wie erwartet: Sie kämpft weiter. Außerdem werden die Alliierten jetzt auf den Plan gerufen, die eine Invasion im japanischen Pearl Harbour versuchen. Die Invasionsflotte wird zurückgedrängt, doch stellt sich schnell heraus, dass alles nur ein Ablenkungsmanöver war. Die Alliierte Flotte segelt gen Tokio, um das Reich hier auf seinem eigenen Land zu schlagen. Sie kann zurückgeschlagen werden und aus Rache wird Santa Monica in Kalifornien vom Reich der Aufgehenden Sonne besetzt. Die hiesigen Medien werden zudem eingesetzt, um Propaganda auf dem gesamten Gebiet der USA. Ein Spion fördert nun zu Tage, was zunächst keine glauben kann: Dass ohne die Zeitreise der Sowjetunion das Reich der Aufgehenden Sonne niemals so mächtig geworden wäre. Der Kaiser ist aufgelöst und überlässt seinem Sohn Prinz Tatsu die Regierungsgeschäfte. Dieser hat auch gleich mit einem neuen Problem zu kämpfen: Die Sowjets und Alliierten haben sich verbündet und versuchen eine Seeinvasion in Yokohama. Diese wird zurückgedrängt. Als die Sowjets ihre erneute Niederlage kommen sehen, versuchen sie erneut die Vergangenheit mit einer Zeitmaschine zu verhindern. Bei einem Sturm auf Moskau kann die Zeitmaschine jedoch zerstört werden, wodurch die Sowjets endgültig vernichtet sind. In Amsterdam wartet nun die letzte Bastion der Alliierten. Als diese gerade geschlagen sind, taucht der sowjetische Wissenschaftler auf, der die Zeitmaschine gebaut hat. Er will rückgängig machen, was durch die Zeitreise angerichtet wurde und die Japaner vernichten. Doch wird auch er besiegt und so herrscht das Reich der Aufgehenden Sonne nun über die ganze Welt.
Da Der Aufstand mit dem Alliierten-Ende weiter geht, ist das stolze Reich der Aufgehenden Sonne hier geschlagen worden und wird von den Alliierten besetzt gehalten. Außerdem versuchen die Sowjets Gebietansprüche im Norden des Landes geltend zu machen und fällt hier ein. Die Alliierten wollen keine Hilfe leisten und so muss sich das Reich selbst um die Angelegenheit kümmern. Die sowjetische Invasion wird zurückgedrängt und ein Vergeltungsschlag in Wladiwostok ausgeführt. Hier mischen sich die Alliierten nun aber in den Konflikt ein und müssen ebenfalls verjagt werden. Mit diesem Sieg steht nun wieder der gesamte Pazifikraum unter der Kontrolle des Reiches der Aufgehenden Sonne.
